目前信用社內(nèi)控制度或多或少都存在著一些問題，具體來說主要表現(xiàn)在以下五個方面：
（一）思想認識不到位。信用社的部分領導重業(yè)務輕管理的思想，對信用社內(nèi)控機制的指導思想不明確，內(nèi)控意識淡薄，對加強內(nèi)控機制建設的重要性和重要作用認識膚淺，忽視了對員工的思想教育和職業(yè)道德教育，使少數(shù)員工的人生觀、道德觀、價值觀發(fā)生了偏向，員工盜用客戶資金、挪用庫款、以貸謀私等違規(guī)違紀案件時有發(fā)生，在一定程度上損害了信用社信譽和利益。
（二）規(guī)章制度不健全。按照內(nèi)部控制的要求，各信用社應建立責任分明、平衡制約、制度健全、運作有序的內(nèi)控機制。但實際工作中，還不同程度地存在著制度不健全，制度建設滯后的現(xiàn)象。主要表現(xiàn)在規(guī)章制度缺乏全面性、系統(tǒng)性和科學性，對一些業(yè)務經(jīng)營存在監(jiān)控盲區(qū)；有些規(guī)章制度已不適應業(yè)務發(fā)展需要，須重新修訂，加以完善；在新業(yè)務開發(fā)推廣或新的管理模式推行時，沒有及時制訂相應配套的規(guī)章制度，目前農(nóng)村信用社在內(nèi)控制度建設中重此輕彼，各取所需，缺乏系統(tǒng)性和前瞻性，影響了內(nèi)控制度建設整體作用的發(fā)揮。制度未能覆蓋所有的重要業(yè)務流程和風險點，出現(xiàn)無章可循。
（三）制度執(zhí)行不到位。農(nóng)村信用社的內(nèi)控制度，是長期以來人們在總結(jié)發(fā)展經(jīng)驗和教訓的基礎上產(chǎn)生的，起了未雨綢繆、亡羊補牢的作用，在業(yè)務運作中必須嚴格執(zhí)行。內(nèi)控制度執(zhí)行監(jiān)督不力，責任難落實，處罰力度不夠。目前大部分農(nóng)村信用社未執(zhí)行事后監(jiān)督制度，無監(jiān)控設備，一人臨柜的現(xiàn)象時有發(fā)生，對內(nèi)控制度執(zhí)行的監(jiān)督流于形式。一些檢查往往停留在對業(yè)務憑證的審查和賬務核對上，并且存在著重錄入輕審查、重憑證要素輕資金對轉(zhuǎn)關系、重賬表核對輕內(nèi)部科目對應關系，不能進行全面的檢查和對風險的評估，造成內(nèi)控制度執(zhí)行中的深層次問題難以發(fā)現(xiàn)。
（四）檢查監(jiān)督不到位。雖然現(xiàn)在大多數(shù)聯(lián)社都配備了專職稽核員，但還存在稽核檢查力量薄弱、功能不全、監(jiān)控檢查不到位等問題，與業(yè)務發(fā)展要求不相適應。內(nèi)部監(jiān)督機制不完善。主要表現(xiàn)在隨著電子化建設步伐的加快，與之相應的計算機信息系統(tǒng)內(nèi)部控制尚未建立，對計算機程序的設計、運行以及計算機數(shù)據(jù)流向過程沒有有效監(jiān)督；由于稽查人員業(yè)務知識不全面，致使對計算機、國際業(yè)務、中間業(yè)務等方面失去有效監(jiān)控；監(jiān)察稽查以事后監(jiān)督為主，往往是亡羊補牢，事后補救，缺少事前、事中的監(jiān)督；職能部門對各項規(guī)章制度的執(zhí)行情況督促檢查不力，無法達到內(nèi)部制衡的目的。
（五）缺乏內(nèi)控激勵機制。 即使有些地方規(guī)章制度健全，執(zhí)行力度到位，但管理監(jiān)控性、強制性、約束性的多，缺乏激勵性的內(nèi)控機制。在出資者經(jīng)營者關系中，要強化激勵與約束，就必須對經(jīng)營者實現(xiàn)責任（利益）的貨幣化和契約化（法律化），但現(xiàn)實中信用社主任及經(jīng)營管理層的報酬非貨幣化和責任非契約化十分明顯，出了事故、風險，可以按規(guī)定扣工資獎金和無限賠付，但做出業(yè)績、做大規(guī)模卻不能隨之增加收入，沒有引進股份制商業(yè)銀行的業(yè)績工資制，因而不能調(diào)動經(jīng)營管理者的積極性和創(chuàng)造性。
